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VERSION 1.2.0
FIX:
- Remove unnecessary files from git repo
- replace outdated nosetests -> pytest as test running
IMPROVEMENTS:
- Improve handling of HOG IDs in pyham. HOG objects use "hog_id" or "og" attribute
from orthoxml to show objects, and also include the taxonomic range.
- LOFT attribute will be loaded for gene elements if assigned in orthoxml.
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VERSION 1.1.12
FIX:
- Fix issue of OrthoXML_manager.get_orthoxml_str not creating orthologous group if only content paralogous groups inside.
IMPROVEMENTS:
- Update iHam libraries to latest
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VERSION 1.1.7
FIX:
- Fix issue with retrieving the correct species tree for a ham analysis if run
from remote datasource (oma server). (Fixes github issue #2)
IMPROVEMENTS:
- None
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VERSION 1.1.6
FIX:
- Fix duplicated items in duplicationNode children for complex paralogous cases.
IMPROVEMENTS:
- None
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VERSION 1.1.5
FIX:
- Fix iHam (keep use the d3.v3 instead of d3.v5).
IMPROVEMENTS:
- None
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VERSION 1.1.4
FIX:
- Remote js library not loaded when opening iham or tree profile html output file.
IMPROVEMENTS:
- Add possibility to load one hog for remote database by single gene query (only oma for now)
- TreeProfile: Make visualisation clearer.
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VERSION 1.1.3
FIX:
- Fix Bytes Error for phyloxml in python 3.
IMPROVEMENTS:
- Add few option to improve selection of xml tag in phyloxml for extant and ancestral
species names.
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VERSION 1.1.2
FIX:
- Bug ancestral name were not set correctly using phyloxml taxonomy scientific name tag
IMPROVEMENTS:
- None.
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VERSION 1.1.1
FIX:
- None
IMPROVEMENTS:
- Tree Profile: Add help modal.
- iHam: Update settings.
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VERSION 1.1.0
FIX:
- None
IMPROVEMENTS:
- Tree Profile: add option to switch between number of genes resulting of each types of phylogenetic events or number of
phylogenetic events (NEW)
- Tree Profile: add few customisation options (Hide/Show elements, switch between fixed size of stacks or based on genome sizes)
- Add UnitTest for iHam
- Add number of duplication events in VerticalMapper.
- Add phyloXML as input format for phylogeny.
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VERSION 1.0.9
FIX:
- None
IMPROVEMENTS:
- Tree profile: add scale bar, remove level annotations for taxonomic range without ancestral genes.
- For clarity purposes, genes that don't duplicate or get lost between two taxon are now denoted as 'retained' instead of 'identical'.
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VERSION 1.0.8
FIX:
- fix secure duplication handling fix.
IMPROVEMENTS:
- None
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VERSION 1.0.6
FIX:
- secure duplication handling.
IMPROVEMENTS:
- None
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VERSION 1.0.5
FIX:
- Fix single HOG orthoXMLformating for iHam.
IMPROVEMENTS:
- None
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VERSION 1.0.4
FIX:
- iHam compatible for p2 and p3.
IMPROVEMENTS:
- None
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VERSION 1.0.2
FIX:
- UnitTesting module compatible for p2 and p3.
IMPROVEMENTS:
- None
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VERSION 1.0.1
FIX:
- OrthoXML parser raise useless 'ValueError: Minimum 2 genomes are required, only 1 provided.' for highly duplicated HOGs.
IMPROVEMENTS:
- None
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VERSION 1.0.0 - Official release
FIX:
- None
IMPROVEMENTS:
- None
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